Aktīvie pētījumi

Transponējamo elementu variāciju izpēte parastās priedes (Pinus sylvestris L.) gēnu rajonos
Projekta vadītājs: Angelika Voronova
Sākuma datums: 1.9.2017
Beigu datums: 31.8.2020

Eiropas Reģionālās attīstības fonda projekts (Nr. 1.1.1.2/VIAA/1/16/094).
Programma "Izaugsme un nodarbinātība".
Specifiskais atbalsta mērķis 1.1.1. "Palielināt Latvijas zinātnisko institūciju pētniecisko un inovatīvo kapacitāti un spēju piesaistīt ārējo finansējumu, ieguldot cilvēkresursos un infrastruktūrā".
Pasākums 1.1.1.2. "Pēcdoktorantūras pētniecības atbalsts".

  

Pēcdoktorants: Angelika Voronova
Atbildīgā persona: Dainis Ruņģis

Gēnu strukturālo variāciju noskaidrošana un raksturošana genomā ir svarīgs posms selekcijas materiāla uzlabošanai nākotnē. Genoma sekvence dažām kailsēkļu sugām ir noskaidrota tikai nesen, iegūto datu kvalitāte un gēnu anotācija joprojām tiek uzlabota. Noskaidrots, ka sekvenēto skujkoku genomi satur ievērojamu skaitu transponējamo elementu gēnu intronos, kas savukārt spēj ietekmēt gēnu darbību, piemēram, inducējot vai bloķējot tā ekspresiju, mainot gēna splaisingu vai arī hromatīna veidošanās procesus. Transponējamie elementi tiek klasificēti divās klasēs: retrotranspozonos, kas ir īpaši izplatīti augu genomos un pēc savas struktūras un izplatīšanas mehānisma līdzinās retrovīrusiem; un DNS transpozoniem, kas ir mazāk izplatīti, tomēr to sekvence var būt īsāka un tie ir bieži cēloņi gēnu mutaģenēzē dažādu augu genomos.

Pētījuma mērķis ir identificēt parastās priedes (Pinus sylvestris L.) gēnus saistītus ar transponējamo elementu izraisītajām strukturālajām izmaiņām. Raksturot identificēto gēnu saistību, kā arī atbildes veidošanu dažādu stresa faktoru ietekmē. Izveidot DNS molekulāros marķierus atrasto strukturālo variāciju izpētei starp priedes selekcijas programmā iesaistītām ģimenēm, kas iepriekš uzrādījušas ģenētiski nosacītas saimnieciski nozīmīgu īpašību atšķirības, kā arī gēnu ekspresijas līmeņa noteikšanai dažādos priedes audos vai vides apstākļos.

Pētījuma rezultātā tiks iegūtas jaunas zināšanas par priedes saimnieciski nozīmīgo gēnu darbību un to ietekmējošiem ģenētiskiem faktoriem; nekodējošo gēnu rajonu variāciju priedes populācijā. Projekta realizācijas procesā tiks paaugstināta jaunā zinātnieka pētnieciskā darba kompetences un iemaņas.

Plānotās darbības / aktivitātes:

  1. Priedes specifisko mobilo elementu sekvenču apkopojums.
  2. Mobilitātes un tīklošanās aktivitātes ietvaros tiks veikta priedes genomiskas sekvences bioinformātiskā analīze.
  3. Molekulāro marķieru izveide, izmantojot identificētas struktūrīpašības.
  4. Paraugu ievākšana, DNS un RNS izdalīšana.
  5. Variācijas izpēte parastās priedes selekcijas ģimeņu DNS paraugos.
  6. Iespējami nozīmīgo gēnu darbību ietekmējošo strukturālo variāciju ekspresijas analīze.

Aktualitātes

  1. Projekts uzsākts 2017. gada 1. septembrī.
  2. 13.-16.09.2017.09. Dalība starptautiskajā simpozijā "Nekodējošais genoms" (The Non-Coding Genome) par nekodējošo ribonukleīnskābju (RNS) pētījumiem. Postera prezentācija šeit.
  3. 03.10.2017. Prezentācija Ģenētisko resursu centra radošās grupas seminārā, kurā tika prezentēts zinātnisks apskats par simpoziju "Nekodējošais genoms". Komandējuma atskaite šeit.
  4. 04.10.2017. Uzsākta priedes specifisko mobilo elementu sekvenču apkopošana.
  5. 19.11.-10.12.2017. Zviedrijas Lauksaimniecības zinātņu universitātē apgūtas genoma sekvenču bioformātiskās analīzes metodes, izmantojot UPPMAX sistēmu (Uppsala Multidisciplinary Center for Advanced Computational Science), to izmantojot priežu genoma bioinformātiskā analīzē, kas ir viens no šī pētījuma paredzētajiem uzdevumiem. Komandējuma atskaite šeit.
  6. 03.01.2018. Prezentācija Ģenētisko resursu centra radošās grupas seminārā, kurā tika prezentētas apgūtās genoma sekvenču bioinformātiskās analīzes metodes, izmantojot UPPMAX sistēmu, to izmantojot priežu genoma bioinformātiskā analīzē. Metode tika apgūta Augu bioloģijas labotatorijā Zviedrijas Lauksaimniecības zinātņu universitātē.
  7. 02.02.2018. Dalība Latvijas Universitātes 76. konferences Molekulārās bioloģijas sekcijā. Konferences programma šeit.
    Angelika Voronova prezentēja referātu "Mobilo ģenētisko elementu izplatība priežu gēnu rajonos" (autori: Angelika Voronova (LVMI Silava), Martha Rendon (Zviedrijas Lauksaimniecības Zinātņu universitāte), Par Ingvarsson (Zviedrijas Lauksaimniecības Zinātņu universitāte) un Dainis Ruņģis (LVMI Silava)). Prezentācija šeit.
  8. Konferences tēzes tiks publicētas žurnālā Environmental and Experimental Biology.
  9. 26.03.2018. "Zinātnes Vēstnesī" publicēts populārzinātnisks raksts par pētījuma tēmu. Raksts elektroniski šeit.

Izpildītāji:

Copyright © 2008 LVMI Silava. All rights reserved.