Aktīvie pētījumi

Ar izturību pret slimībām saistītu parastās priedes gēnu darbību regulējošo DNS rajonu izpēte
Projekta vadītājs: Vilnis Šķipars
Sākuma datums: 1.1.2020
Beigu datums: 31.12.2022

Eiropas Reģionālās attīstības fonda projekts (Nr. 1.1.1.2/VIAA/3/19/510).
Programma "Izaugsme un nodarbinātība".
Specifiskais atbalsta mērķis 1.1.1. "Palielināt Latvijas zinātnisko institūciju pētniecisko un inovatīvo kapacitāti un spēju piesaistīt ārējo finansējumu, ieguldot cilvēkresursos un infrastruktūrā".
Pasākums 1.1.1.2. "Pēcdoktorantūras pētniecības atbalsts".

   

Pēcdoktorants: Vilnis Šķipars
Atbildīgā persona: Dainis Ruņģis

Parastā priede ir pasaulē izplatītākā skujkoku suga. Par spīti tās nozīmībai Latvijas un Z-Eiropas ekonomikā un ekoloģijā, tās genoms, rezistencē pret patogēniem iesaistītie gēni un to darbības regulācijas mehānismi ir pētīti maz. Šādas informācijas trūkums kavē uz rezistenci pret slimībām vērstus pielietojamos pētījumus parastās priedes selekcijā. Izmantojot mūsu iegūtus datus par gēniem, kuru darbība būtiski pastiprinās vai tiek kavēta pēc tīšas inficēšanas ar sakņu trupi izraisošo patogēnu, veiksim DNS apgabalu, kas atrodas tieši pirms šiem gēniem un regulē to darbību, sekvenēšanu. Veiksim arī šo DNS apgabalu epiģenētiskas analīzes, lai konstatētu epiģenētiskas gēnu darbības regulācijas ietekmi.

Pētījuma mērķis: parastās priedes aizsargreakcijās pret patogēniem iesaistīto gēnu darbību regulējošo DNS rajonu izpēte nolūkā iegūt informāciju par šo rajonu struktūru un izstrādāt protokolu indivīdu ar noteiktām ģenētiskām īpašībām atlasei izmantošanai zinātniskos pētījumos nozarē pielietojamu ģenētisku marķieru izstrādei.

Rezultātā tiks iegūta informācija par ar rezistenci saistīto gēnu regulāciju. Iegūto datu salīdzināšana starp ģenētiski atšķirīgiem indivīdiem ļaus pētījuma norises laikā izstrādāt protokolu ar rezistenci saistīto gēnu darbību ietekmējošo DNS rajonu skrīningam. Šāds skrīnings ļautu atlasīt materiālu nākamās fāzes pielietojamajiem pētījumuiem parastās priedes selekcijā. Selekcija samazinās ekonomiskos zudumus, kas sagaidāmi meža augšanas laikā un stiprinās vides un ekonomikas stabilitāti.

Galvenās aktivitātes:

  1. aizsargreakcijās pret patogēniem iesaistīto gēnu darbību regulējošo DNS rajonu sekvenēšana, noskaidrojot gēnu promoteru sekvencēs sastopamās transkripcijas faktoru piesaistīšanās vietas u.c. šo DNS rajonu parametrus;
  2. šo DNS rajonu salīdzināšana starp atšķirīgiem indivīdiem;
  3. minēto DNS rajonu epiģenētisko modifikāciju (DNS metilācijas) analīze un salīdzināšana atšķirīgiem indivīdiem kā arī DNS metilācijas dinamikas, reaģējot uz inokulēšanu ar patogēnu, izpēte;
  4. gēnu ekspresijas analīze, nosakot gēnu darbību regulējošo DNS rajonu struktūras un epiģnētisko izmaiņu ietekmi attiecīgo gēnu darbību;
  5. protokola izstrāde pētāmo reģionu skrīningam parastās priedes selekcijas programmas materiālā.

Aktualitātes

  1. Pētījums uzsākts 2020. gada 1. janvārī.
  2. 24.1.2020. Lekcija 42. Valsts bioloģijas olimpiādē. Vairāk informācijas šeit.

Izpildītāji:

Copyright © 2008 LVMI Silava. All rights reserved.