Aktīvie pētījumi

Ar transponējamiem elementiem saistīto polimorfismu analīze Pinus sylvestris gēnu rajonos
Projekta vadītājs: Angelika Voronova
Sākuma datums: 1.12.2020
Beigu datums: 30.12.2021

Pētījuma pasūtītājs – Latvijas Zinātnes padome (līguma Nr. lzp-2020/2-0151).

Parastā priede (Pinus sylvestris L.) ir nozīmīga skujkoku suga Latvijā, kuras atjaunošanai izmanto uzlabotu reproduktīvo materiālu. Tomēr nav zināmas jauno stādu pielāgošanas spējas iespējamo apkārtējās vides apstākļu izmaiņu rezultātā vai jauno patogēnu invāzijas gadījumā; šie apstākļi nav precīzi paredzami ilgstošā meža rotācijas periodā. Lai nodrošinātu nākotnes mežu ilgtspēju, ir svarīgi pētīt koku pielāgošanās mehānismus un to ģenētiskos pamatus. Transponējamo elementu (TE) saturs un izplatība ir atšķirīgs starp indivīdiem un spēj ietekmēt gēnu darbību, izjaucot gēnu funkcionālos rajonus, iespaidojot transkripciju, gēnu splaisingu un hromatīna struktūru; kā arī ietekmēt nekodējošās RNS darbību. Iepriekš esam izpētījuši TE topoloģiju gēnu flankējošajos rajonos, TE izplatību gēnu nekodējošajos rajonos. Parastās priedes (P. sylvestris L.) eksonu tuvumā tika identificēta virkne jaunu TE, kas satur svarīgus regulatīvus motīvus. Izmantojot mūsu laboratorijā izstrādātu jaunu TE-gēnu atlases metodiku un masīvo paralēlo sekvencēšanu, tika iegūta liela datu kopa, kuru var izmantot turpmākos pētījumos. Šī pētījuma mērķis ir atlasīt kandidātgēnus ar iepriekš identificētām TE insercijām, TE pārbaude un verifikācija, TE-gēna attāluma noteikšana, plašāka strukturālo izmaiņu izraisītās daudzveidības izpēte priedes selekcijas materiālā.

Atslēgas vārdi: transponējamie elementi, gēnu regulācija, rezistence, pielāgošanās, priedes genoms.

Aktualitātes

Pētījums uzsākts 2020. gada decembrī.
  1. 12.2020.–31.01.2021. Veikta iepriekš iegūto bibliotēku analīzi un molekulāro marķieru konstruēšanu MITE-saistīto kodominanto marķieru izstrādei. Tika pabeigta grāmatas "Pines" (Springer) sadaļas sagatavošana "Transposable elements in pines". Tika izsludināta nepilnas slodzes darba vakance studējošam. Veiktas interaktīvas darba intervijas Covid-19 ierobežojumu dēļ.
  2. 26.01.–27.01.2021. Dalība Meža nozares zinātniskā konferencē "Zināšanās balstīta meža nozare" ar interaktīviem skaidrojošiem slaidiem par pētījumu.
  3. 2021.g. janvāris–aprīlis. Sagatavota, izsludināta un noslēgta laboratorijas kopīga iepirkuma procedūra reaģentu un materiālu iegādei.
  4. 2021.g. februāris–aprīlis. Studējoša jauna darbinieka apmācība un pētījuma eksperimentu veikšana: labas prakses pamatprincipi darbam molekulārajās ģenētikas laboratorijā, šķīdumu, buferu un barotņu sagatavošana, marķieru pārbaude un reakcijas apstākļu optimizēšana ar gradienta PĶR, analīze ar agarozes gēlelektroforēzi, fragmentu attīrīšana no gēla, fragmentu liģēšana un plazmīdu transformēšana E. coli kompetentajās šūnās, koloniju atlase un pavairošana, plazmīdu DNS izdalīšana un analīze, DNS koncentrācijas noteikšanas metodes, genomiskās DNS izdalīšanas un attīrīšanas metodes, sekvenēšana pēc Sanger metodes, kapilārā gēlelektroforēze izmantojot Labchip GX (PerkinElmer). Vadoties pēc plāna tika pārbaudīta 30 praimeru pāru darbība dažādās kombinācijās, sekvenēti amplificētie fragmenti, veikta labi strādājošo marķieru pārbaude uz priežu DNS kolekcijām.
  5. 30.04.2021. Dalība "Eiropas Zinātnieku nakts 2021" pasākumos: 19:00–20:00 interaktīva tikšanās ar LVMI Silava jaunajiem zinātniekiem. Sagatavoti slaidi interaktīvai spēlei; sagatavots skaidrojošs posteris par pētījumu, pieejams šeit.
  6. 19.05.2021. Dalība Latvijas Zinātnes padomes rīkotajā informatīvajā tiešsaistes seminārā fundamentālo un lietišķo pētījumu projektu (turpmāk – FLPP) īstenotājiem par projekta vidusposma un noslēguma zinātnisko pārskatu iesniegšanu.
  7. 19.–20.05.2021. Dalība kvalifikācijas uzturēšanas nolūkā Rietumu mežu ģenētikas asociācija (WFGA) un Kanādas mežu ģenētikas asociācija (CFGA/ACGF) rīkotajā konferencē "2021 Forest Genetics Student & PostDoc Symposium". Links uz konferences lapu šeit.
  8. 19.–21.05.2021. Dalība apmācību un kvalifikācijas uzturēšanas nolūkā virtuālajā konferencē "London Calling 2021", kas tika rīkota ar Oxford Nanopore technologies un veltīta garo sekvenču nolasījumu tehnoloģijai – Nanopore sequencing. Konferencē tika prezentēti ievērojami zinātniski pētījumi, kuros šī tehnoloģija tika izmantota, kā arī ietvertas tehnoloģijas apskatu lekcijas. Links uz pasākuma programmu šeit.
  9. 2021. gada maijs–jūlijs. Izveidoto molekuāro marķieru polimorfo alēļu liģēšana, klonēšana un sekvenēšana ar Sanger metodi, ar mērķi apstiprināt mērķa lokusu amplifikāciju priežu populāciju paraugu vidū, noskaidrot garuma variācijas iemeslus, izpētīt retās alēles, apstiprināt amplifikācijas praimeru identitāti.
  10. 3.06.2021. Dalība kontaktbiržā Latvijas zinātniekiem Latvijā un pasaulē, pasākuma apraksts šeit.
  11. 8.–9.06.2021. Dalība FASEB rīkotajā virtualajā konferencē "The Mobile DNA Conference: Evolution, Diversity, and Impact". Links uz konferences programmu šeit.
  12. 2021. gada jūlijs–septembris. Analīžu atkārtojumi. Iepriekš atklāto gēnu intronu amplifikācija un sekvenēšana ar mērķi noskaidrot to variāciju P. sylvestris genomā salīdzinājumā ar references genomiem un to dažādām versijām.
  13. 29.08.–1.09.2021. Dalība EMBL (European Molecular Biology Laboratory) rīkotā konferencē "Mobils genoms: Transponējamo Elementu ietekmes ģenētiskie un fizioloģiskie aspekti" (The Mobile Genome: Genetic and Physiological Impacts of Transposable Elements). Tika sagatavots un prezentēts stenda referāts "Gene-TE associated polymorphism detection using targeted NGS for non-model species genome" šeit. Dr. Angelika Voronova tika aicināta prezentēt darbu īsā apskates runā links ir šeit. Konferences apskats ir pieejams šeit.
  14. 07.10.–08.10.2021. Dalība konferencē "5th Uppsala Transposon Symposium". Sagatavots un prezentēts stenda referāts "MITE insertion-based polymorphism markers from transcriptome of non-model plant (Pinus sylvestris L.)" (links šeit). Dr. Angelika Voronova tika aicināta prezentēt darbu īsā apskates runā (links šeit). Konferences apskats šeit.
  15. 12.10.2021. Dalība pasākumu cikla "Pieslēdzies zinātnei!" sadaļā "Zinātne, inovācijas un tehnoloģijas Latvijas ekonomikas izaugsmei – reāls pienesums tautsaimniecībai?", kuru rīko Latvijas Zinātnes padome (LZP) sadarbībā ar Izglītības un zinātnes ministriju (IZM) un Valsts izglītības attītības aģentūru (VIAA) ar prezentāciju "Priedes genoma noslēpumi. Transponējamie Elementi: savtīgi replikatori vai izdzīvošanas instruktori?" (prezentācija šeit).

Izpildītāji:

Copyright © 2008 LVMI Silava. All rights reserved.